Przeszło 40% powierzchni Hondurasu porastają lasy tropikalne i mieszane. Ten rozległy obszar jest ostoją dzikiej przyrody. Na terenie kraju utworzono liczne parki narodowe, m.in. Celaque, Patuca i Pico Bonito. Honduras słynie też z wodospadów, z których najwyższy jest Pulhapanzak.