Syjon broni się przed masową inwazją maszyn, gdy Neo walczy o zakończenie wojny na innym froncie, jednocześnie przeciwstawiając się zbuntowanemu agentowi Smithowi.
Trzecia część zaczyna się dokładnie w tym miejscu, gdzie kończyła się poprzednia opowieść. Neo (Keanu Reeves) jest uwięziony w tajemniczej stacji, znajdującej się na Ziemi Niczyjej pomiędzy światem Maszyn a Matrixem. Oba światy są celem niszczycielskich planów agenta Smitha. Syjon przygotowuje się do nadchodzącej wojny z maszynami o bardzo małych szansach na przeżycie. Armia Maszyn jest już bardzo blisko i za kilkanaście godzin zaatakuje miasto. Po długich negocjacjach z rządem - Trinity (Carrie-Anne Moss) i Morfeusz (Laurence Fishburne) dostają zgodę, żeby uwolnić Neo i pomóc mu wydostać się na powierzchnię. Neo wierzy, że jest w stanie ocalić Syjon przed zagładą...
Film dostępny jest online w serwisie VOD player.